Las aves son vertebrados y gran parte de sus huesos son huecos, tienen aire (neumatización). Las especies más pequeñas solo tienen los huesos mayores neumatizados, mientras que las de mayor tamaño tienen un mayor número de huesos huecos, a fin de disminuir su peso para facilitar el vuelo.
El encéfalo de las aves, proporcionalmente mayor que el de los reptiles, es corto y ancho. Su cerebelo regula y coordina los movimientos con mucha exactitud.
Su respiración es más eficiente que la de los mamíferos, pueden permanecer a gran altura sin dificultad, como sucede con las aves rapaces. Además, los pulmones se comunican con los sacos aéreos, ubicados en el cuello, tórax y abdomen, que sirven como órganos ventiladores durante el vuelo, mantienen la temperatura corporal constante y disminuyen el peso del animal.
Su temperatura corporal fluctúa entre 41º y 43,5º Celsius.
El sistema digestivo de las aves está formado por: la cavidad bucal, donde se encuentra la lengua, que es pequeña y puntiaguda, y tiene una cubierta córnea; el esófago, que es un tubo musculoso largo que se extiende hasta la base del cuello; el buche, de paredes blandas, que almacena y humedece el alimento; el estómago, que está formado por el proventrículo anterior, blando, de paredes gruesas que secretan los jugos gástricos y el ventrículo o molleja, de paredes musculares que ejercen una enorme fuerza sobre los alimentos duros hasta triturarlos; el intestino, que es alargado, con numerosas asas, conduce a un recto más ancho.
En la unión del intestino y el recto hay dos ciegos alargados, en los que se produce la descomposición bacteriana de los alimentos fibrosos. Finaliza en la cloaca, apéndice hueco y cerrado donde desembocan los aparatos digestivo, excretor y el genital o reproductor, abriéndose al exterior.
Anexo al sistema digestivo tienen el hígado, que es grande y rojizo, formado por dos lóbulos, con una vesícula y dos conductos biliares. También poseen páncreas, que suele tener conductos que desembocan en el intestino.
En cuanto a las glándulas, las más importantes son: la uropigial, situada sobre la base de la cola, que secreta un líquido aceitoso que el animal extiende con el pico sobre sus plumas para impermeabilizarlas y mantener su flexibilidad; y la de la sal, presente en aves acuáticas, que consiste en uno o dos tubitos bajo las aberturas nasales del pico, por las que se expulsa el exceso de sal producto de la ingestión de agua de mar.
La fecundación de la aves es interna y su reproducción ovípara, es decir, la hembra pone huevos después de la fecundación. Las hormonas producidas especialmente por las gónadas (órganos sexuales) regulan las características de cada sexo.
